本作的故事需要重複「搜查」和「潛入」，通過完成任務而推進劇情。「搜查」需要與充滿個性的人物打聽消息，逐漸獲得潛入場所的相關消息。「潛入」則需要利用搜查獲得的線索，將之前妨礙搜查的障礙和陷阱一一破解。 首先是思考時間。首先需要確定潛入場所，然後考慮潛入路線。路線不只有一條。推演各條路線，分析可能的障礙以及能打聽消息的人。 隨後開始搜查。根據推理獲得的線索，兩個人結為搭檔進行搜查。不同角色的側重點不同，每個人通過搜查能夠獲取的情報也會有別。需要思考將哪兩個人結為搭檔才能更有效地收集情報，然後推進搜查。 之後是潛入。潛入也由兩人搭檔完成。根據搜查中獲得的有關潛入路線的信息，以達成任務為目標前進。根據選擇的潛入路線，等待兩人的障礙和陷阱也會不同。 遊戲中有名為「英雄量條」的要素。英雄量表會根據玩家的遊玩方式而變化。任務完成時英雄量表越多，通關級別越高，也能夠解鎖更多的故事。故事可以在兩個任務的間隙閱讀，通過可以了解到更深入的世界觀和角色設定。「搭檔故事」是以BOND隊伍4人的6組搭檔為中心的故事。「支線故事」是以作中登場的各種各樣的角色為中心的故事。
